by car と in my car、by plane と on the plane など！！

「車で」、「飛行機で」、「バスで」、「列車で」などの交通手段はそれぞれby car、by plane、by bus、by trainなどbyを使って表します。

例えば、

I go to school by train. 「私は電車通学しています。」

I went to Osaka by plane. 「私は飛行機で大阪に行きました。」

などです。

しかし、「私の車」や「その飛行機」など特定の車、飛行機などは、in may car 「私の車で」、on the plane 「その飛行機で」、on the bus 「そのバスで」、on the train 「その列車で」などinやonなどを使います。

例えば、

I went to Tokyo on a limited express train. 「私は特急列車で東京に行きました。」

I went to Hakuba on a night bus. 「私は夜行バスで白馬に行きました。」

などです。